Secara konstitusional ditetapkan bahwa negara Indonesia berdasarkan pada agama, artinya bahwa negara Indonesia melindungi dan menghargai kehidupan beragama dari seluruh warga Indonesia. Sebagai negara yang berdasarkan agama, pendidikan agama tidak dapat diabaikan dalam penyelenggaraan pendidikan nasional.
Pemerintah dari tahun ke tahun sejak awal kemerdekaan telah berupayakan menyatukan pendidikan umum dan pendidikan agama ini dalam peraturan perundang-undangan ataupun peraturan pemerintah termasuk didalamnya SKB Tiga Menteri, yaitu Menteri Agama, Menteri Pendidikan dan Kebudayaan, dan Menteri dalam Negeri.