Pesantren jika disandingkan dengan lembaga pendidikan yang pernah muncul di Indonesia merupakan sistem pendidikan tertua saat ini dan dianggap sebagai produk budaya Indonesia yang indigenous. Pendidikan ini awalnya merupakan pendidikan agama islam yang dimulai sejak munculnya masyarakat islam di nusantara pada abad XIII. Beberapa abad kemudian penyelenggaraan pendidikan ini semakin teratur dengan munculnya tempat-tempat pengajian (“nggon ngaji”)
Bentuk ini kemudian berkembang dengan pendirian tempat-tempat menginap bagi para pelajar atau para santri, yang kemudian disebut pesantren.Meskipun bentuknya masih sangat sederhana, pada waktu itu pendidikan pesantren merupakan satu-satunya lembaga pendidikan yang terstuktur, sehingga pendidikan pesantren dianggap sangat bergengsi.
Sebagai lembaga pendidikan, pesantren mengiringi dakwah islamiyah di Indonesia yang memiliki persepsi plural dan ponpes juga dipandang sebagai agen pengembangan masyarakat, dimana persiapan sejumlah konsep kurikulum dan pengembangan SDM sangat diharapkan untuk peningkatan kualitas ponpes itu sendiri maupun peningkatan kehidupan masyarakat.