Setelah Indonesia meredeka, penyelenggaraan pendididikan agama mendapat perhatian serius dari pemerintah, baik disekolah negri maupun suasta. Usaha untuk itu dimulai dengan memberikan bantuan terhadap lembaga tersebut sebagaimana yang dianjurkan oleh Badan Pekerja Komite Nasional Pusat (BPKNP) tanggal 27 Desember 1945. Badan ini menyebutkan bahwa madrasa dan pesantren pada hakikatnya adalah satu alat dan sumber pendidikan dan pencerdasan rakyat jelata yang sudah berurat, berakar dalam masyarakat Indonesia umumnya, hendaklah mendapatkan perhatian dan bantuan material dan pemerintah.