Pondok pesantren awal mulanya diidentifikasi sebagai “gejala desa”. Gejala desa artinya pondok pesantren merupakan institusi pendidikan Islam tradisional yang kehadirannya bukan untuk menyiapkan pemenuhan tenaga kerja trampil (skilled) atau profesional sebagaimana tuntutan masyarakat modern sekarang ini. Pondok pesantren didirikan oleh perorangan, yakni kyai. Lembaga pendidikan ini dimaksudkan untuk mengajari para santri belajar agama mulai tingkat dasar hingga tingkat lanjut.
Pesantren adalah lembaga pendidikan mandiri yang dirintis, dikelola, dan dikembangkan oleh kyai. Jika ditelusuri, pesantren lahir dari sesuatu yang sangat sederhana. Seseorang yang dikenal memiliki pengetahuan agama, yang kemudian dianggap sebagai ustadz, menyediakan diri untuk mengajar agama Islam.